W prawie cywilnym obowiązuje zasada, iż wszystko co jest na gruncie jest własnością właściciela gruntu. W VAT jest odwrotnie – stawka VAT dla nieruchomości zabudowanej zależy od stawki VAT dla budynku lub budowli. Co więcej w niektórych przypadkach w ogóle mamy oderwanie prawa podatkowego od prawa cywilnego i tak jest między innymi w przypadku sprzedaży gruntu na rzecz osoby, która na tym gruncie wzniosła budynek (np.: na rzecz najemcy lub dzierżawcy, który wybudował za zgodną właściciela budynek na tym gruncie).

Po pierwsze na gruncie prawa cywilnego dochodzi wówczas do dostawy nieruchomości zabudowanej (a więc gruntu z budynkami), a dla celów VAT uznaje się, iż dochodzi tylko do dostawy gruntu.

Po drugie w zakresie podatku VAT pojawia się pytanie jaką stawkę VAT zastosować. Zagadnienie to było przedmiotem wielu interpretacji i orzeczeń. Generalnie przyjmuje się, iż dostawa takiego gruntu jest opodatkowana stawką 23 %. Nie można bowiem uznać tego gruntu za teren niezabudowany niebudowlany (bo przecież budynek na nim stoi). Nie można też zastosować zwolnienia przewidzianego dla sprzedaży budynków ponieważ dochodzi tylko do przeniesienia prawa do dysponowania gruntem (budynkiem i tak cały czas dysponował najemca, który go na tym gruncie wybudował). W efekcie zastosowanie do sprzedaży gruntu ma stawka podstawowa, czyli 23 %.

Przykład

Firma A. dzierżawi od firmy Z. 6000 m.kw. gruntu. Na działce tej za zgodą właściciela firma A. wybudowała budynek. Po 6 latach strony postanowiły, iż firma Z (właściciel gruntu) sprzeda ten całą nieruchomość dla firmy A. Na gruncie prawa cywilnego firma Z. przeniesie na firmę A. własność gruntu z budynkami. Dla celów VAT będzie to natomiast tylko dostaw samego gruntu. Sprzedaż gruntu co więcej będzie opodatkowana stawka 23 %. Gdyby jednak firma. A. po nabyciu nieruchomości postanowiła sprzedać go dla kolejnego podmiotu, wówczas będzie mogła ona skorzystać ze zwolnienia z VAT przewidzianego w art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy (a więc dla dostaw dokonanych po upływie dwóch lat od pierwszego zasiedlenia). Firma A. będzie już bowiem dokonywała dostawy zabudowanej nieruchomości, a więc zastosowanie będzie miała stawka VAT właściwa dla budynku.

Podsumowując, sprzedaż gruntu na rzecz podmiotu, który za zgodą właściciela wzniósł budynek na tym gruncie podlega opodatkowaniu stawką 23 %, bez względu na to kiedy ten budynek został wzniesiony i jaka stawka obowiązywałaby przy sprzedaży tego budynku.