Nabywca nieruchomości, co do zasady, zobowiązany jest do zapłaty 2 % PCC (podatku od czynności cywilnoprawnych). Warto jednak pamiętać o wyjątkach. Jeden z nich dotyczy nabycia gospodarstwa rolnego. Zgodnie z art. 9 pkt 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych zwolniona z PCC jest sprzedaż własności gruntów stanowiących gospodarstwo rolne, pod warunkiem, że w wyniku dokonania czynności zostanie utworzone lub powiększone gospodarstwo rolne o powierzchni od 11 ha do 300 ha oraz gospodarstwo to będzie prowadzone przez nabywcę przez co najmniej 5 lat od dnia nabycia. Wspomniane zwolnienie stanowi formę pomocy de minimis i niestety ten ostatni zapis w ustawie wywołuje liczne wątpliwości. Zarówno organ podatkowe, jak i część notariuszy stoją na stanowisku, iż jeżeli wyliczone PCC przekracza limit pomocy de minimis, to PCC należy pobrać w całości.

Korzystną dla podatników wykładnię prezentuje jednak Naczelny Sąd Administracyjny, który w wyroku z dnia 2 września 2020 r., sygn. akt II FSK 1422/18 stwierdził:

„(…) nie ma takiego przepisu prawa materialnego, który by zakazywał dokonywania częściowego zwolnienia podatkowego w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych. Wynik rozumowania argumentum a maiori ad minus jest jednoznaczny, tj. skoro limit pomocy de minimis ma postać maksymalnej kwoty, to dopuszczalne jest również udzielnie tej pomocy poniżej tego limitu (tej kwoty), a tym samym przyznanie zwolnienia do wysokości tego limitu. W sytuacji, gdy kwota podatku przewyższyłaby limit dla pomocy de minimis, wynikający z rozporządzenia nr 1408/2013, płatnik powinien obliczyć i pobrać podatek jedynie w kwocie nadwyżki nad limitem”.

Jeżeli więc notariusz pobrał PCC w pełnej wysokości, uznając iż nie ma zastosowanie analizowane zwolnienie ponieważ kwota PCC przekracza limit pomocy de minimis warto rozważyć wystąpienie do organów podatkowy z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty i zwrot niesłusznie pobranego podatku.